Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου συνεργάζεται με:

Α. Τα Όργανα Διοίκησης, τις Μονάδες, Δομές, Γραφεία και Υπηρεσίες του Ε.Α.Π.

Η Μονάδα, ως αυτοτελής και ανεξάρτητη, υπάγεται απευθείας στον Πρύτανη του Ε.Α.Π. και συνεργάζεται με το Συμβούλιο Διοίκησης, καθώς και με τα άλλα Όργανα Διοίκησης του Ε.Α.Π.

Επίσης, στο πλαίσιο του σκοπού της και της εξασφάλισης των απαιτούμενων πληροφοριών και στοιχείων για την υλοποίηση του έργου της, η Μονάδα συνεργάζεται με όλες τις διοικητικές, ακαδημαϊκές, ερευνητικές και λοιπές μονάδες, δομές, γραφεία και υπηρεσίες του Ε.Α.Π., που εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής των αρμοδιοτήτων και του έργου της.

Β.  Την Επιτροπή Ελέγχου του Ε.Α.Π.

Η Μονάδα συνεργάζεται με την Επιτροπή Ελέγχου του Ε.Α.Π., η οποία ως ανεξάρτητο σώμα που δεν έχει αρμοδιότητες διαχείρισης και διοίκησης στο Ε.Α.Π., εγγυάται την ανεξαρτησία της Μονάδας, παρακολουθεί τις εργασίες της, διασφαλίζει την αποτελεσματικότητα και την ποιότητα του έργου της, παρακολουθεί την αποτελεσματική λειτουργία του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και του συστήματος διαχείρισης κινδύνων, και τέλος, διασφαλίζει ότι οι συστάσεις της Μονάδας λαμβάνονται δεόντως υπόψη.

Γ. Φορείς για τον συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση της λειτουργίας της

Η Μονάδα, στο πλαίσιο του συντονισμού, της παρακολούθησης και της αξιολόγησης του έργου της, συνεργάζεται με τους παρακάτω φορείς, στους οποίους και κοινοποιεί αμελλητί την Ετήσια Έκθεση του προηγούμενου έτους:

α) την Εθνική Αρχή Διαφάνειας, η οποία, μεταξύ άλλων, είναι αρμόδια για τον συντονισμό και την υποστήριξη της λειτουργίας και της ελεγκτικής δράσης της Μονάδας,

β) τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών, η οποία είναι αρμόδια για τον έλεγχο της επάρκειας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης και

γ) το Ελεγκτικό Συνέδριο, ως το ανώτατο δημοσιονομικό δικαστήριο της χώρας, το οποίο παρακολουθεί, ελέγχει και αξιολογεί την αποτελεσματικότητα του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και την επάρκεια της Μονάδας.