Αποστολή της Μονάδας είναι η βελτίωση της λειτουργίας του συστήματος εσωτερικού ελέγχου του Ε.Α.Π. με στόχο:

α) την ενίσχυση της αποτελεσματικότητας και της αποδοτικότητάς του, β) την αξιοπιστία του και γ) την υποστήριξη του φορέα για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων μέσω της εύλογης διαβεβαίωσης ως προς την αποδοτικότητα και αποτελεσματικότητα των συστημάτων και διαδικασιών διακυβέρνησης, διαχείρισης κινδύνων και των δικλίδων ελέγχου.

Η Μονάδα, με σκοπό να συμβάλλει στη βελτίωση της εν γένει λειτουργίας του Ε.Α.Π., καθώς και να προσθέτει αξία σε αυτό, έχει τους ακόλουθους επιχειρησιακούς στόχους:

α) τον έλεγχο των συστημάτων διακυβέρνησης και λειτουργίας και την παροχή εύλογης διαβεβαίωσης περί της επάρκειας αυτών, με σκοπό την υποστήριξη του Ε.Α.Π. για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων και για τη λήψη μέτρων, όπου απαιτείται,

β) την παροχή συμβουλευτικών υπηρεσιών, είτε ως αρωγή προς τον Πρύτανη του Ε.Α.Π., είτε στο πλαίσιο του ετήσιου προγράμματος εργασιών, με στόχο τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του Ε.Α.Π.,

γ) τη διασφάλιση της ορθής, αποτελεσματικής και ασφαλούς διαχείρισης και χρήσης των πληροφοριακών συστημάτων και

δ) την αξιολόγηση της λειτουργίας, των δραστηριοτήτων και των προγραμμάτων του Ε.Α.Π. βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.